目前关于新型冠状病毒的起源，有很多“阴谋论”。

2020年5月1日，世界卫生组织（WHO）确定新冠病毒（命名为2019-nCoV）源自自然界。该组织表示多次听取数位仔细研究过新冠病毒基因序列和病毒本身的专家的意见，确定新冠病毒源自自然界。主要依据如下：

1. 从新冠病毒基因序列上看：新冠病毒与在云南菊头蝠（又称为马蹄蝠）中发现的冠状病毒基因序列有96.2%的类似性，病毒表面的棘突蛋白，是冠状病毒与宿主受体ACE2结合的关键蛋白。正是这4%的变异导致它有如此高的传染性，棘突蛋白突变可能是触发这次大流行的原因。另有研究表明：新型冠状病毒的突变与某些物种将病毒从动物身上传递给人类的过程完全吻合。
2. 从病毒自身结构看：研究人员发现，新冠病毒并不具有“之前使用的病毒主干结构”，因此并非人类创造，可能是一种在蝙蝠体内发现的病毒和另一种穿山甲携带的病毒结合发展而成。

遗憾的是目前尚未明确新型冠状病毒从蝙蝠传到人体的中间宿主。新型冠状病毒疫苗及治疗性药物还没有广泛使用。